W zależności od warunków środowiskowych, obejmu­jących położenie danego terenu, jego ukształtowanie, klimat, glebę i lokalne stosunki wodne, na Pojezierzu Mazurskim spotykamy różne zbiorowiska roślinne.Roślinność wodna, w odróżnieniu od roślinności lądo­wej jest w całości zanurzona w wodzie, a tylko liście pływają po jej powierzchni i kwiaty wznoszą się ponad wodą. Natomiast roślinność bagienna tylko w dolnej swej części jest zanurzona, nieraz bardzo płytko w wodzie, po­zostałe części łodygi i liście wznoszą się ponad nią. A za­tem rozwój roślinności wodnej jest uzależniony od śro­dowiska, w którym ona występuje. W rzekach i jezio­rach Pojezierza Mazurskiego spotykamy szczególne bo­gactwo zespołów roślinności wodnej. Rozmieszczenie tych roślin w zbiornikach wodnych uzależnione jest od temperatury, przezroczystości, głębo­kości, chemicznego składu i ruchów wody. W zależności od tych elementów możemy w każdym środowisku wod­nym wyodrębnić kilka stref ekologicznych roślinności, a mianowicie: strefę roślin podwodnych, strefę roślin o liściach zanurzonych, strefę roślin o liściach pływają­cych, strefę oczeretów i strefę roślinności błotnej. W strefie roślin podwodnych, w najgłębszych partiach zbiorników wodnych, znikają rośliny kwiatowe, a ich miejsce zajmują ramienice i dość często spotykany mech wodny. W strefie roślin o liściach zanurzonych spotykamy roś­liny całkowicie zanurzone w wodzie, jak np. rozmaite gatunki rdestnic, wywłóczniki, jaskry, moczarkę kana­dyjską, rogatek sztywny i inne. W strefie roślin o liściach pływających na powierzchni wody spotykamy najczęściej luźne zbiorowiska takich roślin, jak: grzybienie białe, grążele żółte, rzadziej rdest-nicę pływającą, jaskier wodny oraz żabiściek pływający. W strefie oczeretów w zwartych zespołach występuje przeważnie trzcina pospolita, a bliżej otwartego lustra wody oczeret jeziorny, zaś w bardziej luźnych zespołach, plytszej wodzie, spotykamy pałkę szeroko- i wąskolist­ną oraz tatarak. W strefie roślinności błotnej między lądem a wodą spotykamy turzycę odległokłosą oraz skrzyp bagienny, jaskier wielki, strzałkę wodną, bobrek trójlistkowy inne. Roślinności wodnej na Pojezierzu Mazurskim poświę­cono dotychczas mniej uwagi niż roślinności lądowej, dlatego też wymaga ona bardziej szczegółowego opraco­wania.Duże obszary Pojezierza Mazurskiego zajmują/ prze­strzenie bezdrzewne: łąki, pagórki, obszary piaszczyste i pola uprawne. Przestrzenie te powstały bądź wskutek wycięcia lasów przez człowieka, bądź wskutek właści­wości fizycznych i chemicznych gleb, będących wyni­kiem działania lądolodu i wód roztopowych. Roślinność łąk zależy od ich podłoża. Dlatego na łąkach niżej poło­żonych spotykamy rośliny takie, jak wyczyniec łąkowy, jaskier ostry, śmiałek darniowy, wiechlina łąkowa i zwy­czajna, tymotka łąkowa, kuklik zwisły, groszek wiosen­ny, bodziszek łąkowy, barszcz syberyjski, przetacznik długolistny, szelężnik większy, babka średnia i lanceto­wata, przytulią bagienna i pospolita, chaber łąkowy, szczaw polny, firletka poszarpana, krwawnik pospolity. Na łąkach wyżej położonych rozwinął się natomiast ze­spół roślin, wśród których najczęściej spotykamy: barszcz syberyjski, jaskier ostry, szczaw zwyczajny, dzięgiel leśny, macierzankę piaskową, mydlnicę lekar­ską, koniczynę pagórkową.Na stokach suchych i mocno nasłonecznionych pagór­ków spotykamy roślinność muraw kserotermicznych, jak poziomkę twardawą, koniczynę długokłosową, gło­wienkę wielkokwiatową, goryczkę krzyżową, bukwicę zwyczajną, jastrzębiec wierzchołkowy. Można tu również spotkać rośliny południowosyberyjskie: lepnicę zielona-wą i wąskopłatkową, zawilec wielkokwiatowy, pięcior­nik pagórkowy, sparcetę piaskową, dzwonek boloński, astra gawędkę, oman szorstki. Jeśli z braku wilgoci nie mógł wytworzyć się las i utrzymuje się tylko roślinność krzewiasta, to w zależności od podłoża na pagórkach po­rosłych krzewami wyróżniamy dwie formacje roślinne: jedną z leszczyną, drugą z tarniną. Do pierwszej oprócz leszczyny należą: głóg dwuszyjkowy i jednoszyjkowy, trzmielina zwyczajna i brodawkowata oraz róża dzika, rosnąca na glebie gliniastej lub piaszczysto-gliniastej. Druga formacja na glebie piasz­czystej ma swego przedstawiciela w jałowcu i śliwie tar­ninie, które tak się rozkrzewiają, że nie pozwalają już rosnąć innym zespołom roślinnym. Na pagórkach zawie­rających w podłożu glinę lub margiel z domieszką części piaszczystych lub żwirowych nie spotyka się roślin krze­wiastych, a tylko rośliny z rodziny motylkowych i zło­żonych, podobnie jak na łąkach górskich lub stepowych.Podłoże takich obszarów nie składa się wyłącznie z piasku, ale zawiera sporą ilość domieszek gliniastych, co pozwoliło na rozwinięcie się tam traw darniowych. Rośliny tych obszarów należą jednak przeważnie do suchorostów kserofitów, których przedstawicielami są: rogownica pięciopręcikowa, chroszcz nagolodygowy, rozchodnik ostry, koniczyna polna, jasieniec piaskowy, by-lica polna, jastrzębiec kosmaczek, kocanki piaskowe i szczaw polny. Z mchów występują: drabik drzewkowa-ty – CHmacium dendroides, tuj owiec – Thuidium abie­tinium, płonnik jałowcowy – Polytrichum juniperinum, zęboróg purpurowy – Ceiatodon purpureus. Należy jeszcze wymienić wydmy piaszczyste, które rozciągają się wzdłuż Zalewu Wiślanego. Wydmy te po­suwające się z wolna, ale stale ku zalewowi, przyczy­niają się do powstawania mielizn. Powstawanie wydm nie jest problemem czysto geologicznym, lecz także bio­logicznym, w sensie zarastania roślinnością, bowiem na wydmach o ruchomych jeszcze piaskach pojawia się ko­strzewa piaskowa, honkenia piaskowa, mikołajek nad­morski, bylica polna i inne. Na wydmach ustalonych rosną już drzewa: brzoza brodawkowata, olsza szara i osika, a z krzewów wierz­ba piaskowa i rokitnik. Z traw występuje tu piaskowni­ca zwyczajna, kostrzewa czerwona i owcza, turzyca pias­kowa i inne. Z ziół: fiołek trójbarwny, prosienicznik gład­ki, starzec Jakubek, rozchodnik sześciorzędowy, przelot pospolity, komonica zwyczajna, rogownica pięciopręci-kowa. Mchy są reprezentowane przez płonnik – Poly­trichum piliferum, pędzik – Tortula ruralis i zęboróg purpurowy – Ceratodon purpureus; z porostów wystę­puje Cladonia silvatica.