Pod względem hydrograficznym Pojezierze Mazurskie należy do najciekawszych regionów naszego kraju. Licz­ne naturalne szlaki wodne, duże bogactwo jezior i ich zgrupowania, prastare obszary bagien i torfowisk nadają tutejszemu krajobrazowi charakterystyczny wygląd, róż­ny od pozostałych regionów Polski. Na szczególną uwagę zasługują tu trzy działy wodne: dorzecze Wisły z jej prawobrzeżnymi dopływami, dorze­cze Pregoły odwadniane przez Łynę i Węgorapę oraz rzeki przymorskie z Baudą i Pasłęka. Zestawienie rzek o dorzeczach powyżej 2000 km2: a Dorzecze Wisły Ełk, długość 118 km, dorzecze 2501 km2, prawy dopływ Narwi poprzez Biebrzę Pisa, długość 80 km, dorzecze 4362 km2, prawy dopływ Narwi Omulew, długość 101 km, dorzecze 2052 km2, prawy do­pływ Narwi Orzyc, długość 143 km, dorzecze 2144 km2, prawy do­pływ Narwi Drwęca, długość 250 km, dorzecze 5536 km2, prawy do­pływ Wisły b Dorzecze Pregoły Węgorapa, długość 172 km, dorzecze 3639 km2 w tym na terenie Polski około 47 km2 Łyna, długość 289 km, dorzecze 7126 km2 c Rzeka przymorska Pasłęka, długość 211 km, dorzecze 2330 km2. Ełk jest dopływem Biebrzy i wypływa z zachodnich stoków Wzgórz Szeskich. Przepływa przez jeziora: Szwałk, Piłwąg, Łaźno, Łaśmiady i Ełckie. Na południe płynie płaską niziną podmokłych łąk, pokrytą miejscami lasami. Pisa wypływa z jeziora Roś, dalej płynie doliną pod­mokłych łąk wzdłuż wschodniego skraju Puszczy Piskiej i Puszczy Myszynieckiej, wijąc się wieloma meandrami wśród puszcz z fragmentami lasów zbliżonych do pier­wotnych. Rzeka ta przez Narew łączy system Wielkich Jezior Mazurskich z Wisłą. Rozoga jest prawobrzeżnym dopływem Narwi, o dłu­gości 70 km. Jej źródła znajdują się w okolicy miejsco­wości Jerutki, w południowej części centralnego zespołu wzgórz Pojezierza Mazurskiego. Źródła Omulwi znajdują się w Napiwodzkich Lasach. W górnym biegu odwadnia ona większe jeziora, jak Omulew, Dłużek, Sasek Wielki, Sędańskie, Szoby Małe, Wałpusz i inne mniejsze. Jest to rzeka bardzo ciekawa z punktu widzenia turystycznego. W środkowym biegu zatraca nieco te walory, płynąc przez podmokłe obszary Puszczy Myszynieckiej. Orzyc ma źródła w okolicy miejscowości Dębsk. W górnym biegu płynie przez obszary podmokłe, dopiero w okolicy Janowa przecina pasmo morenowych pagór­ków. Drwęca wypływa z okolicy Drwęcka na południowy zachód od Olsztyna, przepływając przez Jezioro Drwęc­kie, a następnie przez rozległą dolinę otoczoną licznymi pagórkami pokrytymi lasem. Dolina Drwęcy miejscami bardzo się zwęża, jej porośnięte lasem zbocza stają się urwiste. W okolicy Elgnówka Drwęca tworzy przełom, następnie osiągając znaczną szerokość zatraca charakte­rystyczne cechy bystro płynącej rzeki. Drwęca przepły­wa przez Ostródę i Nowe Miasto; w okolicy Ostródy łączy się z Kanałem Elbląskim Ostróda-Elbląg. Węgorapa wypływa z jeziora Mamry i przez tereny podmokłe płynie w kierunku granicy państwowej. Nad Węgorapa leży Węgorzewo. Źródła Łyny znajdują się w pobliżu wsi Łyna. Są one szczególnie interesujące ze względu na erozję wsteczną z licznymi wywierzyskami wypływającymi z glin more­nowych wąwozu o zboczach sięgających 60 m wysokości. Tereny wokół źródłisk są pokryte lasem mieszanym, zaś w dolinach zaroślami olszy czarnej i szarej. Cały teren źródlisk, o powierzchni 104 ha, stanowi rezerwat przy­rody im. Romana Kobendzy. W górnym biegu Łyna prze­pływa przez łańcuch jezior rynnowych, z których naj­większe i najgłębsze jest Jezioro Łańskie. Przepływa przez miasta: Olsztyn, Dobre Miasto, Lidzbark Warmiń­ski, Bartoszyce i Sępopol. Na Nizinie Sępopolskiej doli­na tej rzeki, o głębokości około 30 m i więcej, jest typo­wą rynną polodowcową. Źródła Pasłęki położone są w okolicy miejscowości Gryźliny, na płaskich zabagnionych łąkach. Dolina rzeki jest bardzo malownicza, miejscami z wysokimi i urwisty­mi zboczami pokrytymi lasami. W górnym biegu prze­pływa przez jeziora: Wymój, Sarąg, Łęguty i Isąg. W swym biegu przyjmuje wody Giłwy, Marągu, Drwęcy Warmińskiej, Miłakówki i Wałszy, następnie przepływa przez Braniewo i wpada do Zalewu Wiślanego.Zespół jezior pochodzenia polodowcowego na Pojezie­rzu Mazurskim liczy ponad 2700 naturalnych zbiorników wodnych o powierzchni ponad 1 ha. Największe central­ne zgrupowanie jezior, tak zwane Wielkie Jeziora Ma­zurskie, jest położone w okolicy Węgorzewa, Giżycka, Orzysza, Mikołajek i Rucian. Drugim, znacznie mniej­szym zespołem jest zgrupowanie jezior w okolicy Iła­wy, Starego Dzierzgonia i Ostródy. Poza tym Pojezierze Mazurskie jest usiane mnóstwem jezior o różnej wiel­kości. Jeziora położone w południowej i zachodniej części Pojezierza należą do zlewni Wisły. Wody ich są odpro­wadzane rzekami wielkiej pradoliny, w której płyną obecnie Biebrza, Narew i Wisła. Wody z jezior położo­nych w północnej części są odprowadzane do Zalewu Wiślanego rzekami: Pasłęka, Łyną i Węgorapa. Te dwie ostatnie są dopływami Pregoły. Z jezior części wschod­niej zbierają wody: Czarna Hańcza i Szeszupa, uchodzą­ce do Niemna oraz Lega, wpływająca do jeziora Selmęt Wielki. Dział wodny między tymi zlewiskami przebiega na pół­nocnym krańcu Jeziora Niegocińskiego, z którego wody mogą odpływać zarówno do Pregoły dopływem Węgorapy, jak i do Wisły za pośrednictwem Pisy. Zespół jeziora Mamry jest połączony z jeziorami Nie-gocin, Śniardwy i Roś systemem kanałów. Są to: Kanał Szymoński, Kanał Mioduński, Kanał Lelecki, Kanał Tałc-ki i Kanał Jegliński. Kanały te, połączone z szeregiem uporządkowanych mniejszych jezior i strug, tworzą pięk­ny szlak żeglowny dla turystyki wodnej* na Wielkich Je­ziorach Mazurskich. Kanał Elbląski bierze początek z Jeziora Drwęckiego, następnie prowadzi przez Miłomłyn, jezioro Jelonek, Ru­dą Wodę, Sambród i Pniewo do jeziora Druzno i Zalewu Wiślanego. Na tej drodze różnicę poziomu pomiędzy do­chodzącymi do około 100 m wzniesieniami na Pojezierzu a niziną nadmorską koło Elbląga pokonano przy pomocy pięciu ciekawie rozwiązanych pochylni. Odgałęzienie te­go szlaku wodnego, z Miłomłyna przez Jeziorak, ma po­łączenie z Iławą. Kanał Augustowski łączy dopływy Niemna z dopływa­mi Wisły. Przecina dział wodny obu rzek pomiędzy Czar­ną Hańczą, wpadającą do Niemna, a Netta, dopływem Biebrzy. Rzeki i strumienie wypływające z jezior i ba­gien, odpowiednio uporządkowane, tworzą właściwy sy­stem kanałowy. Główna trasa Kanału Augustowskiego zaczyna się od ujścia Biebrzy do Narwi. System wodny Kanału z licznymi jeziorami, rzekami i strugami płyną­cymi wśród lasów Puszczy Augustowskiej jest ciekawym szlakiem kajakowym Pojezierza Suwalskiego i Równiny Augustowskiej. Wśród jezior Pojezierza Mazurskiego wyróżniamy dwa zasadnicze typy. Pierwszy z nich, to jeziora rynnowe, odznaczające się dużym wydłużeniem, znaczną głębokoś­cią i stromymi brzegami. Powstały one na skutek erozji lodowcowej i prawdopodobnie przechodziły skompliko­wany rozwój. Drugim typem są jeziora morenowe, ma­jące kształty nieckowate, o urozmaiconej linii brzegowej. Ich zbiorniki wypełniły się wodą po wycofaniu się lo­dowca. Pod względem biologicznym można wyróżnić róż­norodne typy jezior, począwszy od form młodych, oligo-troficznych – ubogich w składniki pokarmowe, poprzez jeziora zasobne w życie roślinne i zwierzęce – eutroficz­ne oraz jeziora ulegające zatorfieniu. W jeziorach oligo-troficznych spotykamy rzadkie reliktowe gatunki roślin.