Klimat Pojezierza Mazurskiego pozostaje w ścisłym związku z położeniem geograficznym tego regionu. Wynika on ze ścierania się wpływów klimatu morskiego i kontynentalnego. Jego zmienność spowodowana jest różnymi czynnikami meteorologicznymi. Ze względu na stosunki termiczne, Pojezierze Mazurskie należy zaliczyć do najzimniejszego obszaru nizinnego naszego kraju. Szczególnie zimne są północno–wschodnie obszary Pojezierza. W okolicy Olecka i Gołdapi średnia temperatura roczna wynosi poniżej +6°. W powiatach elbląskim i malborskim średnie temperatury roczne są wyższe, co spowodowane jest łagodzącym wpływem morza. Badaniami termiki Pojezierza Mazurskiego zajmowała się między innymi Kaczorowska 1950, uwzględniając okres od 1881 do 1930 r. Na podstawie jej badań można podać kilka charakterystycznych danych. W styczniu, będącym najzimniejszym okresem w roku, średnie temperatury miesiąca kształtują się od -2,5° w Malborku do -4,8° w Olecku, a w lipcu, miesiącu najcieplejszym, dla Malborka +17,6°, zaś dla Olecka + 17,8°. Amplitudy roczne wahają się od 20,1° dla Malborka do 21,8° dla Olecka. Wynika z tego, że przy posuwaniu się ku wschodowi daje się zauważyć wyraźny wzrost wpływów kontynentalnych. Średnie dzienne maksima temperatury na Pojezierzu Mazurskim wahają się od 10,1° do 11,6°, a średnie dzienne minima od 1,8° do 3,3°. Najwyższe absolutne maksima temperatury zanotowane na tym obszarze wynoszą +34° – +37°, zaś najniższe absolutne minima spadają do-33,5°, a nawet-36,4°. Z badań cytowanej autorki wynika także, że okres zimy wykazuje dużą rozpiętość: dla Olecka wynosi on 115 dni, dla Lidzbarka 98, dla Ostródy 94 i dla Malborka 84 dni. Początek wiosny na Pojezierzu Mazurskim przypada między 6 kwietnia Malbork a 14 kwietnia Olecko, a koniec jesieni właściwej między 22 października Olecko a 2 listopada Malbork. Z zestawień wykonanych przez Gorczyńskiego 1952 wynika, że maksymalne nasłonecznienie przypada na czerwiec i lipiec. Średnio na dobę czas nasłonecznienia wynosi dla Olecka 4,7 godziny, zaś dla Ostródy 4,3 godziny. Rozpatrując rozkład dni pogodnych w poszczególnych miesiącach należy stwierdzić, że największa ich liczba przypada na maj 4 w Olecku, 6 w Malborku i wrzesień 3-4. Najmniej dni pogodnych obserwowano w grudniu i listopadzie. Średnie roczne zachmurzenie dla Pojezierza Mazurskiego wynosi 6,7 skala 0-10. Liczba dni pochmurnych waha się od 140 do 160, zaś dni o całkowitym zachmurzeniu jest około 100 dla Olecka 103. Z uwagi na dużą liczbę jezior wilgotność powietrza jest tu wysoka. Średnia roczna wilgotność wynosi 81-82%, przy czym w grudniu dochodzi ona do 90% natomiast w maju obniża się do 70%. Roczne opady atmosferyczne na Pojezierzu Mazurskim wynoszą na obszarach wzniesień i jezior 550-600 mm, na terenach między Kętrzynem a jeziorem Śniardwy 550-500 mm, natomiast w okolicy Lelkowa i Gołdapi przekraczają nawet 700 mm. Szybkość wiatrów ma wyraźny wpływ na przebieg parowania. Na Pojezierzu Mazurskim jest ona duża. Częstotliwość występowania w ciągu roku wiatrów o różnych prędkościach przedstawia się w sposób następujący.Ogólnie więc można powiedzieć, że klimat Pojezierza Mazurskiego jest stosunkowo surowy. Zimy są ostre, średnia temperatura stycznia wynosi -3° do -5°, na wschodzie jeszcze mniej. Lata są chłodne, średnia temperatura lipca waha się od +16° do +18°. Im dalej na wschód, tym bardziej zaznaczają się cechy klimatu kontynentalnego. Średnia opadów wynosi 600 mm. Najwięcej opadów przypada na czerwiec, lipiec i sierpień, co wpływa dodatnio na wegetację. Jednak wpływy klimatu kontynentalnego, a więc wahania temperatury, przymrozki późną wiosną i wczesną jesienią skracają okres wegetacyjny, nie tylko buków i dębów, lecz także młodych świerków zasięgu borealnego, sosen i brzóz. Rośliny gatunków atlantyckich i zachodnich, rosnące na tutejszych terenach, przystosowały się do .wpływów klimatu kontynentalnego, wykazując długowieczność oraz dodatnie cechy rozwojowe, zaś gatunki drzew występujące w drzewostanach leśnych, jak: cis, buk, jawor i dąb bezszypułkowy osiągają tu długowieczność oraz odznaczają się dużym przyrostem masy drzewnej. Należy to również przypisać obfitym opadom letnim, dużej wilgotności powietrza oraz glebie. Do ujemnych czynników klimatycznych wpływających na wegetację, szczególnie drzew, należą tutejsze wiatry. Ich działanie mechaniczne powoduje łamanie gałęzi i wywracanie drzew, a fizjologiczne daje się szczególnie we znaki w czasie wiosennych przymrozków i posuch, gdy rośliny budzą się ze snu zimowego, a więc dla ukształtowania się zbiorowisk leśnych, klimat posiada decydujące znaczenie.