Współczesna szata roślinna Ziemi Sądeckiej ukształtowała się w wyniku długotrwałego działania klimatu i czynników geologicznych. Dużą rolę w tym procesie miała również gospodarcza działalność człowieka. Najstarsze ślady roślinności, zachowane w postaci ziarn pyłku i niewielkich szczątków makroskopowych, pochodzą ze środkowego i górnego miocenu, którego osady wypełniają Kotlinę Sądecką. Dzięki badaniom paleobotaników i geologów wiemy, że w okresie miocenu,. czyli przed ok. 60 min lat, dno kotliny było zabagnione, a przez pewien okres zalane nawet słonymi wodami morskimi. Miejsca silnie zabagnione porośnięte cypryśbyły prawdopodobnie nikowymi lasami bagiennymi z udziałem błotni i Glyptostrobus. W nieco suchszych miejscach rozwijały się lasy olszowe z domieszką orzesznika i skrzydłorzecha. Obok nich występowały zarośla złożone z wrześni, brzozy i Platycarya. W runie rosły liczne paprocie z rodziny długoszowatych. Okoliczne wzgórza pokrywały zapewne lasy sosnowe i dębowo-lipowe ze świerkiem. Nie wdając się w szczegóły, możemy stwierdzić, iż w składzie ówczesnej flory występowało wiele gatunków rosnących u nas współcześnie lub też pochodzących z dzisiejszych obszarów tropikalnych i subtropikalnych wschodniej Azji i Ameryki Północnej. Obok nich rosły gatunki, które obecnie występują w śródziemnomorskim lub holarktycznym obszarze Eurazji. Nie znane są dzieje roślinności Sądecczyzny w pliocenie. Podobnie brak jest flor z okresu plejstoceńskiego, zwanego powszechnie epoką lodową, który miał kapitalne znaczenie dla rozwoju współczesnej szaty roślinnej. Plejstocen, jak wiadomo, był okresem długotrwałym i bardzo zróżnicowanym klimatycznie. Na przemian występowały w nim ciepłe okresy interglacjalne i zimne okresy glacjalne, w czasie których na teren naszego kraju wkraczał lądolód skandynawski. Najlepiej poznana jest w Karpatach historia roślinności w czasie ostatniego zlodowacenia zwanego bałtyckim, które zaczęło się przed ok. 70 000 lat. Składało się ono z zimnych okresów stadialnych i ciepłych okresów interstadialnych. Wahania klimatyczne powodowały ustawiczne pionowe i poziome przesunięcia w rozmieszczeniu roślinności. Przyjmuje się, iż w czasie ostatniego pleniglacjalnego* wahania cieplejszego w okresie 29 000-39 000 lat p.n.e. górna granica płatów leśnych, złożonych z drzew szpilkowych: sosny, limby, świerka i modrzewia, dochodziła do wysokości 500 m n.p.m., wyżej zaś rozwijała się roślinność tundrowa. Ostatnim aktem zlodowacenia bałtyckiego było oziębienie w okresie młodszego dryasu ok. 9000 lat p.n.e.. Badania palinologiczne prowadzone w różnych częściach Karpat, a także profil pyłkowy z torfowiska typu przejściowego, położonego na stokach Bryjarki, dowodzą, że rozwijały się wtedy luźne lasy sosnowe z modrzewiem, świerkiem i brzozą, nie sięgały jednak wyżej niż 700 m n.p.m. Ponad górną granicą lasu występowały zbiorowiska zaroślowe i zielne. Wraz z gwałtownym ociepleniem, które spowodowało wycofanie się resztek lądolodu w północne obszary Europy, rozpoczął się okres współczesny zwany holocenem. Poprawa warunków klimatycznych przyczyniła się najpierw do rozprzestrzenienia się drzew szpilkowych, głównie świerka, a później umożliwiła wkroczenie gatunków liściastych. Szczególnie bujne lasy rozwinęły się w optimum klimatycznym holocenu, przypadającym w tzw. okresie atlantyckim 6000-4000 lat p.n.e., gdy średnia temperatura roczna była o ponad 2°C wyższa niż obecnie. W niższych położeniach występowały wtedy w lasach gatunki o większych wymaganiach klimatycznych: leszczyna, grab, wiąz i dąb. W najwyższym piętrze Beskidu Sądeckiego panowały dobrze wykształcone bory świerkowe. Nowe gatunki drzew pojawiły się w późnym okresie atlantyckim, a zwłaszcza z nastaniem okresu subborealnego ok. 2500 lat p.n.e.. W wyniku zwilgotnienia klimatu wkroczyły do lasu buk i jodła, a także zaczął się rozprzestrzeniać grab. W ten sposób zamknął się pewien etap historyczny rozwoju roślinności na obszarze Sądecczyzny. Główne gatunki drzew, w zależności od wymagań klimatycznych i ekologicznych, zajęły określone strefy wysokościowe, w których w zasadzie pozostają bez większych zmian do dnia dzisiejszego. Dzięki temu możemy obecnie mówić o piętrowym układzie roślinności.W Sądecczyźnie, podobnie jak w innych obszarach Karpat, możemy wyróżnić piętra roślinne, których istnienie związane jest z określonymi warunkami klimatycznymi zależnymi od wysokości nad poziomem morza. Piętrowy układ roślinności najpełniej wyraża się w rozmieszczeniu zbiorowisk leśnych, które na obszarze regli karpackich stanowią końcowe stadium rozwoju roślinności. Od najniżej położonych obszarów Sądecczyzny aż po wysokość 500-550 m rzadko 600 m występuje piętro pogórza. Pierwotnie obszar ten był pokryty zwartym płaszczem lasów liściastych dębowo-grabowych z dużą domieszką lipy i innych gatunków oraz borami mieszanymi, w których znaczną rolę odgrywały jodła i sosna. Obecnie udział lasów jest tutaj niewielki, korzystne bowiem warunki klimatyczne i łagodna na ogół rzeźba terenu sprzyjały intensywnej gospodarce rolnej, stąd też w krajobrazie przeważa obecnie mozaika pól i łąk. Powyżej piętra pogórza, do wysokości 1100-1150 m n.p.m., rozciąga się piętro regla dolnego. Panują w nim lasy jodłowo–bukowe, w których niżej przeważa jodła, wyżej natomiast cieniodajny buk. W dolnej części piętra sporo obszaru zajęte jest jeszcze pod uprawy rolne, dochodzące niekiedy aż do wysokości 1000 m n.p.m., np. na Niemcowej w paśmie Radziejowej. Ponad piętrem regla dolnego występuje piętro regla górnego, zajęte przez jednogatunkowe bory świerkowe. Warunki hipsometryczne sprawiają, że w pełni rozwinięte jest to piętro jedynie w paśmie Radziejowej. Niewykluczone, że przed wiekami występowało ono także na Runku i Jaworzynie Krynickiej. Granice pomiędzy poszczególnymi piętrami zazwyczaj nie zaznaczają się ostro. Na stokach północnych są one niekiedy znacznie obniżone, podobnie jak w dolinach, którymi spływa ku dołowi zimne powietrze. Z tego względu linia między piętrami ma przebieg falisty, a charakterystyczne dla pięter zbiorowiska mogą się ze sobą przeplatać. Niezależnie od zróżnicowania w kierunku pionowym, w Karpatach zaznacza się zróżnicowanie poziome, tzn. flora i roślinność w obrębie tych samych pięter roślinnych może się różnić w poszczególnych rejonach. W związku z tym botanicy dzielą Karpaty na niższe jednostki geobotaniczne. Nie wdając się w szczegóły podamy, że Beskidy wyróżniono jako osobny okręg, w obrębie którego wydzielono podokręgi. Rozległość Ziemi Sądeckiej sprawia, że flora i roślinność również wykazują zróżnicowanie, co stało się podstawą do wydzielenia na jej obszarach trzech jednostek geobotanicznych o randze podokręgów. Cała południowa i zachodnia część Sądecczyzny należy do podokręgu sądeckiego. Charakteryzuje go obfite występowanie gatunków ciepłolubnych, a także obecność kilku roślin wschodniokarpackich. W podokręgu sądeckim urywają się też zachodniokarpackie zasięgi kilku gatunków górskich, które po przerwie zasięgowej ponownie pojawiają się dopiero w Bieszczadach lub jeszcze dalej na wschodzie. Niewielka część Sądecczyzny należy do podokręgu Beskidu Niskiego. Dokładne wyznaczenie granicy między pod-okręgami Beskidu Niskiego a Sądeckim nie jest jeszcze możliwe, wydaje się jednak, że biegnie ona nieco na zachód od rzeki Białej. Charakterystyczną cechą tego podokręgu jest stosunkowo obfite występowanie niektórych roślin wschodniokarpackich i duży udział buczyny karpackiej w odrębnym podzespole z miesiącznicą trwałą. Jako trzecią jednostkę geobotaniczną wyróżniamy na Ziemi Sądeckiej podokręg Pogórza Fliszowego. Należy do niego część Sądecczyzny położona na północ od Pasma Łososiń i 28 skiego i Kotliny Sądeckiej. Roślinność Pogórza Fliszowego ma charakter przejściowy pomiędzy Karpatami a niżem.