W zależności od warunków środowiskowych, obejmujących położenie danego terenu, jego ukształtowanie, klimat, glebę i lokalne stosunki wodne, na Pojezierzu Mazurskim spotykamy różne zbiorowiska roślinne.Roślinność wodna, w odróżnieniu od roślinności lądowej jest w całości zanurzona w wodzie, a tylko liście pływają po jej powierzchni i kwiaty wznoszą się ponad wodą. Natomiast roślinność bagienna tylko w dolnej swej części jest zanurzona, nieraz bardzo płytko w wodzie, pozostałe części łodygi i liście wznoszą się ponad nią. A zatem rozwój roślinności wodnej jest uzależniony od środowiska, w którym ona występuje. W rzekach i jeziorach Pojezierza Mazurskiego spotykamy szczególne bogactwo zespołów roślinności wodnej. Rozmieszczenie tych roślin w zbiornikach wodnych uzależnione jest od temperatury, przezroczystości, głębokości, chemicznego składu i ruchów wody. W zależności od tych elementów możemy w każdym środowisku wodnym wyodrębnić kilka stref ekologicznych roślinności, a mianowicie: strefę roślin podwodnych, strefę roślin o liściach zanurzonych, strefę roślin o liściach pływających, strefę oczeretów i strefę roślinności błotnej. W strefie roślin podwodnych, w najgłębszych partiach zbiorników wodnych, znikają rośliny kwiatowe, a ich miejsce zajmują ramienice i dość często spotykany mech wodny. W strefie roślin o liściach zanurzonych spotykamy rośliny całkowicie zanurzone w wodzie, jak np. rozmaite gatunki rdestnic, wywłóczniki, jaskry, moczarkę kanadyjską, rogatek sztywny i inne. W strefie roślin o liściach pływających na powierzchni wody spotykamy najczęściej luźne zbiorowiska takich roślin, jak: grzybienie białe, grążele żółte, rzadziej rdest-nicę pływającą, jaskier wodny oraz żabiściek pływający. W strefie oczeretów w zwartych zespołach występuje przeważnie trzcina pospolita, a bliżej otwartego lustra wody oczeret jeziorny, zaś w bardziej luźnych zespołach, plytszej wodzie, spotykamy pałkę szeroko- i wąskolistną oraz tatarak. W strefie roślinności błotnej między lądem a wodą spotykamy turzycę odległokłosą oraz skrzyp bagienny, jaskier wielki, strzałkę wodną, bobrek trójlistkowy inne. Roślinności wodnej na Pojezierzu Mazurskim poświęcono dotychczas mniej uwagi niż roślinności lądowej, dlatego też wymaga ona bardziej szczegółowego opracowania.Duże obszary Pojezierza Mazurskiego zajmują/ przestrzenie bezdrzewne: łąki, pagórki, obszary piaszczyste i pola uprawne. Przestrzenie te powstały bądź wskutek wycięcia lasów przez człowieka, bądź wskutek właściwości fizycznych i chemicznych gleb, będących wynikiem działania lądolodu i wód roztopowych. Roślinność łąk zależy od ich podłoża. Dlatego na łąkach niżej położonych spotykamy rośliny takie, jak wyczyniec łąkowy, jaskier ostry, śmiałek darniowy, wiechlina łąkowa i zwyczajna, tymotka łąkowa, kuklik zwisły, groszek wiosenny, bodziszek łąkowy, barszcz syberyjski, przetacznik długolistny, szelężnik większy, babka średnia i lancetowata, przytulią bagienna i pospolita, chaber łąkowy, szczaw polny, firletka poszarpana, krwawnik pospolity. Na łąkach wyżej położonych rozwinął się natomiast zespół roślin, wśród których najczęściej spotykamy: barszcz syberyjski, jaskier ostry, szczaw zwyczajny, dzięgiel leśny, macierzankę piaskową, mydlnicę lekarską, koniczynę pagórkową.Na stokach suchych i mocno nasłonecznionych pagórków spotykamy roślinność muraw kserotermicznych, jak poziomkę twardawą, koniczynę długokłosową, głowienkę wielkokwiatową, goryczkę krzyżową, bukwicę zwyczajną, jastrzębiec wierzchołkowy. Można tu również spotkać rośliny południowosyberyjskie: lepnicę zielona-wą i wąskopłatkową, zawilec wielkokwiatowy, pięciornik pagórkowy, sparcetę piaskową, dzwonek boloński, astra gawędkę, oman szorstki. Jeśli z braku wilgoci nie mógł wytworzyć się las i utrzymuje się tylko roślinność krzewiasta, to w zależności od podłoża na pagórkach porosłych krzewami wyróżniamy dwie formacje roślinne: jedną z leszczyną, drugą z tarniną. Do pierwszej oprócz leszczyny należą: głóg dwuszyjkowy i jednoszyjkowy, trzmielina zwyczajna i brodawkowata oraz róża dzika, rosnąca na glebie gliniastej lub piaszczysto-gliniastej. Druga formacja na glebie piaszczystej ma swego przedstawiciela w jałowcu i śliwie tarninie, które tak się rozkrzewiają, że nie pozwalają już rosnąć innym zespołom roślinnym. Na pagórkach zawierających w podłożu glinę lub margiel z domieszką części piaszczystych lub żwirowych nie spotyka się roślin krzewiastych, a tylko rośliny z rodziny motylkowych i złożonych, podobnie jak na łąkach górskich lub stepowych.Podłoże takich obszarów nie składa się wyłącznie z piasku, ale zawiera sporą ilość domieszek gliniastych, co pozwoliło na rozwinięcie się tam traw darniowych. Rośliny tych obszarów należą jednak przeważnie do suchorostów kserofitów, których przedstawicielami są: rogownica pięciopręcikowa, chroszcz nagolodygowy, rozchodnik ostry, koniczyna polna, jasieniec piaskowy, by-lica polna, jastrzębiec kosmaczek, kocanki piaskowe i szczaw polny. Z mchów występują: drabik drzewkowa-ty – CHmacium dendroides, tuj owiec – Thuidium abietinium, płonnik jałowcowy – Polytrichum juniperinum, zęboróg purpurowy – Ceiatodon purpureus. Należy jeszcze wymienić wydmy piaszczyste, które rozciągają się wzdłuż Zalewu Wiślanego. Wydmy te posuwające się z wolna, ale stale ku zalewowi, przyczyniają się do powstawania mielizn. Powstawanie wydm nie jest problemem czysto geologicznym, lecz także biologicznym, w sensie zarastania roślinnością, bowiem na wydmach o ruchomych jeszcze piaskach pojawia się kostrzewa piaskowa, honkenia piaskowa, mikołajek nadmorski, bylica polna i inne. Na wydmach ustalonych rosną już drzewa: brzoza brodawkowata, olsza szara i osika, a z krzewów wierzba piaskowa i rokitnik. Z traw występuje tu piaskownica zwyczajna, kostrzewa czerwona i owcza, turzyca piaskowa i inne. Z ziół: fiołek trójbarwny, prosienicznik gładki, starzec Jakubek, rozchodnik sześciorzędowy, przelot pospolity, komonica zwyczajna, rogownica pięciopręci-kowa. Mchy są reprezentowane przez płonnik – Polytrichum piliferum, pędzik – Tortula ruralis i zęboróg purpurowy – Ceratodon purpureus; z porostów występuje Cladonia silvatica.