Ważnym składnikiem biocenoz wodnych są płazy. Na Ziemi Są­deckiej żyje większość krajowych gatunków, przy czym godne uwa­gi jest ich rozmieszczenie. Niektóre, np. żaba trawna czy ropucha zwyczajna, osiągają najwyższe wzniesienia Beskidów, zamieszkując równocześnie tereny nizinne. Inne, np. kumak nizinny, żaba wodna czy rzekotka, ograniczają się wyłącznie do obszarów niżej położo­nych, natomiast traszki – górska i karpacka, salamandra i kumak górski zasiedlają wyłącznie obszary gór i wyższych partii Pogórza. Pisząc o wodach nie sposób pominąć największego ich bogactwa – ryb. Rzeki i potoki Sądecczyzny, a wśród nich toczący chłodne i dobrze natlenione wody Dunajec, słyną z dużej liczebności żyjących tu gatunków, a także ze znacznych rozmiarów wielu złowionych w tych rzekach ryb. Powstanie zapory rożnowskiej i czchowskiej stworzyło zupełnie nową sytuację w gospodarce rybackiej tego ob­szaru. Dwa duże zbiorniki wodne umożliwiają bytowanie wielu ga­tunkom ryb jeziornych, utrudnione natomiast zostało poruszanie się gatunków wędrownych. Zapora rożnowska stanowi szczególne zagrożenie dla troci, najważniejszego gatunku w gospodarce rybac­kiej na Dunajcu. Prócz troci z przepławek korzystają również i inne gatunki: węgorz, świnka, ukleja, brzana, brzanka oraz boleń. W nie­wielkiej stosunkowo liczbie wędruje czasem osiadły kleń, rzadko spotykane są w przepławkach okonie, certy, płocie, jelce, sandacze, liny, karasie oraz leszcze i szczupaki. Wędrujące osobniki po pewnym czasie wracają w dół rzeki i tu napotykają przeszkodę w postaci turbin rożnowskiej elektrowni wodnej. Łopatki pracujących turbin uderza­ją z taką częstotliwością, iż ryby mierzące ponad 30 cm narażone są na uderzenia i uszkodzenia ciała. Najtrudniej przechodzą przez turbiny węgorze i miętusy, uszkodzeniu ulega również znaczna liczba troci. Ryby potoków górskich i górnych odcinków rzek – pstrąg i lipień -nie ucierpiały od zapory. Dla nich największym i stale rosnącym zagrożeniem jest zwiększające się zanieczyszczenie miejscowych wód płynących. Fakt ten obserwować można szczególnie dobrze na przykładzie Kryniczanki, która przyjmując nie oczyszczone ścieki miejskie z Krynicy jest siedliskiem życia tylko nielicznych, skraj­nie wytrzymałych na zanieczyszczenie gatunków bezkręgowców. Zwierzęta bezkręgowe zasiedlają rzeki i potoki górskie w niewiel­kiej liczbie gatunków. Przeciętnie w określonym miejscu znaleźć ich możemy zaledwie kilkadziesiąt, cała zaś rzeka lub większy potok zawiera 200-300. Do najciekawszych należą nieliczne w gatunki grupy owadów: jętki, widelnice i chruściki. Te stosunkowo słabo latające zwierzęta wytworzyły wiele lokalnych populacji ograniczo­nych często do niewielkich odcinków Karpat. Przykładem takiego gatunku jest chruścik Ryacophila fasciata. Żyje on wyłącznie w strefie przyźródliskowej małych karpackich potoków leśnych. Niezwykle interesującym trybem życia odznacza się Beraea maurus, inny gatunek tego samego rzędu owadów. Jego larwy żyją w źródłach i zimnych potokach górskich na omszałych kamieniach opryskiwanych przez wodę. Dno każdej rzeki zasiedlone jest przez ogromną liczbę rozmaitych bezkręgowców. Fauna denna bentofauna Dunajca i Popradu za­wiera ponad 260 gatunków bezkręgowców. Wśród nich najliczniej reprezentowane są muchówki z rodziny ochotkowatych, chruściki oraz jętki i widelnice, rzadko natomiast spotykamy tu pijawki i mię­czaki. Organizmy żyjące w Dunajcu dzielą się na kilka grup ekolo­gicznych. Pierwsza grupa obejmuje te zwierzęta, które nawiązują do górskiego charakteru rzeki, następna skupia faunę charaktery­styczną dla jej środkowego biegu, trzecia, występująca już w zasa­dzie poza obrębem Ziemi Sądeckiej — faunę siedlisk charakterystycz­nych dla dolnego biegu rzeki. Jeszcze inną grupę stanowią gatunki rozwijające się intensywnie wraz ze wzrostem zanieczyszczenia wo­dy, co szczególnie dobrze widać, gdy rzeka przepływa przez większy ośrodek miejski, np. Nowy Sącz. Powstanie zbiorników zaporowych na Dunajcu stworzyło szansę zasiedlenia zupełnie nowego biotopu również wielu gatunkom zwie­rząt bezkręgowych. Dało również możliwość dokładnego i systema­tycznego prześledzenia zjawiska sukcesji organizmów w ciągu ok. 30 lat. Szczególnie interesujące było powstanie nowej, nie występu­jącej w rzekach grupy organizmów planktonowych, swobodnie uno­szących się w wodzie. Początkowo, w trzy lata po spiętrzeniu zbior­nika, zespół roślin i zwierząt planktonowych był bardzo ubogi za­równo pod względem liczby gatunków, jak i zagęszczenia ich po­pulacji. W kilka lat później plankton dolnej części zbiornika roż­nowskiego wykształcił cechy typowe dla planktonu jeziornego. Osta­teczne ukształtowanie zespołów zwierząt unoszących się w wodzie przypadło na lata sześćdziesiąte. Skład gatunkowy fauny pozostał stosunkowo ubogi. Największe zagęszczenie populacji organizmów planktonowych utrzymuje się w środkowej części zbiornika. Pod względem liczby osobników dominują tu wrotki, których liczebność ocenia się na 204 osobniki w 1 1 wody. Skorupiaki planktonowe z rzę­du widłonogów osiągają zagęszczenie ok. 103 osobników w 1 1, a wioślarki – 95. Najpospolitszym gatunkiem wrotków w Jeziorze Roż­nowskim jest Polyartha dolichoptera, wioślarek – Bosmina longirostris i Daphnia cucullata, widłonogów zaś – Acantocyclops vernalis. Fauna dna zbiornika uległa daleko idącym przekształceniom w po­równaniu do bentofauny macierzystej rzeki. W pierwszych latach po zalaniu dno zbiornika opanowały głównie skąposzczety, w latach następnych larwy muchówek z rodziny ochotkowatych. W miarę upływu lat wyraźnie wzrosła liczba gatunków bezkręgowców. Podobne procesy zaobserwowano w zbiorniku czchowskim. Tu­taj jednak nie prowadzono systematycznych badań, jedynie wy­rywkowo opracowano niektóre grupy zwierząt planktonów