Rzeki i jeziora Pojezierza Mazurskiego są środowiska­mi życia swoistej fauny. Z rzek na podkreślenie zasługuje Drwęca i jej dopły­wy. Położona w górnych partiach wysokich moren czo­łowych, ma ona wyraźny charakter rzeki wyżynnej, pły­nącej w dorzeczu dolnej Wisły. Podobnych rzek i stru­mieni na Pojezierzu mamy więcej. Warunki środowisko­we w systemie rzeki Drwęcy sprzyjają występowaniu wielu gatunków ryb, typowych zarówno dla wód o cha­rakterze podgórskim, jak i nizinnym. W wodach Drwę­cy i w jej dopływach występuje kilka gatunków ryb charakterystycznych dla rzek podgórskich. Są to łosoś, troć, śliz, strzebla potokowa i głowacz. Z gatunków cha­rakterystycznych dla rzek nizinnych żyje tu kleń, jelec, brzana i piekielnica, a z gromady kręgłoustych minóg strumieniowy. Występują także liczne gatunki eurytopowe, jak kiełb, płoć, ukleja, jaź, wzdręga, leszcz, różanka, słonecznica, koza, piskorz, ciernik, cierniczek i okoń. Wreszcie spotyka się tu lina i karasia, które są gatunka­mi charakterystycznymi dla wód stojących. Z gatunków drapieżnych zamieszkuje tu szczupak, miętus i węgorz. Poza rybami już wymienionymi i właściwymi dla wód nizinnych – w jeziorach Pojezierza Mazurskiego kilka jeszcze gatunków wymaga omówienia. Sielawa występuje ławicami w strefie pelagicznej jezior głębokich, czystych, o dnie twardym, kamienistym lub piaszczystym, a szczególnie w jeziorach: Wigry, Per­ty, Hańcza, Białe Wigierskie, Gaładuś, Rajgrodzkie, Bia­łe Filipowskie, Sajno, Rybczyzna, Ożewo, Blizno i Ełckie, z jezior zaś mazurskich w Śniardwach, Mamrach, Nariach, Isągu i szeregu innych. Według Rudnickiego na Pojezierzu Mazurskim stwierdzono obecność sielawy w 82 jeziorach o powierzchni 60 580 ha. Sieja jest jedną z nielicznych pozostałości epoki lo­dowcowej. Żyje ona w jeziorach typu oligotroficznego, znacznych głębokościach. Z jezior posiadających mniejsze lub większe pogłowie siei należy wymienić: Selment, Leszuniady, Mamry, Sask, Babant, Dzierzgoń, Luterskie, Śniardwy i Orzysz. W innych jeziorach typu siejowego gatunek ten zanikł. Sieja została tam wtórnie wprowadzona przez zarybianie materiałem różnego po­chodzenia. Stynk a jest najbardziej znana z jezior suwalskich, jak Wigry, Sajno, Serwy, Szurpiły i inne. Sandacz obecnie jest wyławiany w Zalewie Wiśla­nym oraz w jeziorze Długim Augustowskim. W innych jeziorach typu sandaczowego na całym Pojezierzu jest spotykany, lecz tylko w tych jeziorach, gdzie go sztucz­nie wprowadzono. Sum jest to drapieżnik występujący w niektórych je­ziorach. Prowadzi skryty tryb życia i w jeziorach ma­zurskich dorasta do olbrzymich rozmiarów. Czasami rów­nież trafia się tu pstrąg tęczowy, obcy element dla na­szej ichtiofauny, który zawędrowuje do niektórych rzek strumieni z hodowli w warunkach stawów sztucznych. W wodzie między oczeretami żyją liczne pierwotniaki i zwierzęta bezkręgowe, jak wrotki, skorupiaki, wodopójki, pluskwiaki i chrząszcze. Na powierzchni dna i roś­lin gromadzą się formy pełzające – larwy chruścików, ważek i mięczaki, zaś na łodygach roślin możemy spot­kać formy czepne, jak pijawki, osiadłe gąbki i mszywioły. Muł jest zasiedlony przez liczne gru;y drobnych zwie­rząt, wśród których wyróżniają się larwy z rodzaju Chironomus. W skład planktonu zwierzęcego tzw. zooplanktonu, unoszącego się w wodzie, wchodzą poza innymi grupami zwierząt głównie skorupiaki i wrotki. W środowisku wodnym występują liczne rodzaje i gatunki mięczaków. Liczba gatunków płazów i gadów na Pojezierzu Mazur­skim jest w porównaniu z innymi zwierzętami stosunko­wo nieliczna. Z płazów ogoniastych należy wymienić tra­szkę zwyczajną i grzebieniastą, zaś z płazów bezogoniastych rzekotkę drzewną, kumaka nizinnego, grzebiuszkę ziemną, żabę wodną, trawną, moczarową, którą spotyka się na łąkach i torfowiskach bezdrzewnych, i śmieszkę tylko na brzegach Zalewu Wiślanego. Z ropuch: ropuchę zwyczajną, zieloną oraz paskówkę. Ta ostatnia należy do rzadkości. Z gadów na uwagę zasługuje przede wszystkim żółw błotny, występujący zaledwie w kilku stanowiskach. Ja­szczurki są reprezentowane przez jaszczurkę zwinkę, ja­szczurkę żyworodną i padalca zwyczajnego. Z węży sto­sunkowo licznie występuje zaskroniec zwyczajny, rza­dziej gniewosz plamisty oraz żmija zygzakowata. Ta ostatnia jest jadowita, lecz pozostawiona w spokoju nie atakuje ludzi; jad jej może być śmiertelny dla człowieka, a jedyną skuteczną odtrutką, jest surowica przeciwjadowa. Płazy i gady, nie wyłączając żmij, należą do zwierząt pożytecznych.