Dzisiejszy świat zwierzęcy Pojezierza Mazurskiego należy do elementu przejściowego między środkowoeuropejskim a północno- i wschodnioeuropejskim, z tym że poza Pobrzeżem Warmińskim zaznacza się ubytek elementu atlantyckiego. Mimo tego jednak element atlantycki nie przestaje być jednym z ważniejszych składników faunistycznych Pojezierza Mazurskiego. Szereg gatunków zachodnich ma stanowiska wyłącznie w rejonie Pobrzeża. Z ptaków należy tu wymienić dżdżownika ob-rożnego, który, jako podgatunek, ma typowy zasięg północno-atlantycki, z muchówek . Na Pojezierzu Mazurskim wyraźniej zaznacza się udział elementu borealno-alpejskiego, północnego i wschodniego. Gatunki tu zaliczane wchodzą częściowo w skład fauny torfowiskowej, częściowo zaś charakteryzują siedliska suche, jak wydmy lub lasy sosnowe. W grupie północnej spotykamy stosunkowo dużo ptaków. Należy tu m. in. wymienić tracza długodzióba zamieszkującego Syberię, Islandię i Europę północną. Gnieździ się on w głębi lądu nad jeziorami, a w zimie skupia się w dużych masach na brzegach Bałtyku. Noskiewicz podkreśla, że na Pojezierzu Mazurskim, stanowiącym region przejściowy między fauną środkowo- a północno- i wschodnioeuropejską, silniej jeszcze niż na tle rozmieszczenia elementów geograficznych uwydatnia się rasowe zróżnicowanie gatunków. Zjawisko to przejawia się bądź przez występowanie form przejściowych między rasami środkowoeuropejskimi a północnymi, bądź też przez występowanie ras czystych, należących już do zasięgu fauny północnej lub północno–wschodnioeuropejskiej.Z reliktów faunistycznych na szczególną uwagę zasługuje bóbr europejski mieszkający na Pojezierzu Mazurskim w utworzonych w tym celu rezerwatach. Czy się uda utrzymać w wolnej przyrodzie ten poninik doby przedlodowcowej – czas pokaże. W każdym bądź razie władze ochrony przyrody w granicach swych możliwości czynią wszystko, aby zachować ten gatunek jeszcze na długie lata wśród żyjących ssaków tego regionu. Z gadów należy wymienić żółwia błotnego, stanowiącego wielką rzadkość na Pojezierzu Mazurskim. Dotychczas zarejestrowano stanowiska tego gada w rezerwacie na jeziorze Orłowo Małe, poza tym w zarastającym jeziorze Wąż w pow. giżyckim i na bagnach otaczających jezioro Wierzba w pow. mrągowskim oraz na podmokłych terenach wsi Kowalki koło Rypina. Są to najbardziej wysunięte stanowiska tego gada na północnym wschodzie naszego kraju. Z ryb wymienimy sieję, występującą w wielu jeziorach, trudno jednak ustalić, w których z nich jest ona autochtoniczna. Natomiast sielawa niewątpliwie jest autochtonicznym gatunkiem występującym w wielu jeziorach, przy czym w niektórych masowo, jak w Łańskim Jeziorze, Plusznym Wielkim, w jeziorze Kośno, Serwent, Narie, Mamry, Niegocin, Serwy, Wigry, Hańcza. Z bezkręgowców należy wymienić skorupiaki reliktowe występujące w jeziorach mazurskich, jak np. skorupiak Limnocalanus macrurus, spotykany w jeziorach Mamry, Swiecajty, Dargin, Dejguny, Mikołajki i Tałty. Jest to najdalej na południe wysunięte jego stanowisko w północnej Europie. Skorupiak Mysfs aculata relicta spotykany jest w jeziorach Mamry, Wadąg oraz w Tałtowisku. Skorupiak Pallasea guadrispinosa bywa znajdywany w jeziorach Mamry, Leleskie, Narie, Tałty, Isąg, Dargin, Leszno i Szeląg. Poza tym do rzadkości należy zaliczyć z motyli pazia żeglarza i trupią główkę, z chrząszczy – jelonka, biegacza obrzeżonego i zielonozłotego, tęcznika liszkarza i mniejszego oraz kozioroga dębosza. Spotykany paź królowej ze względu na swe piękno winien być objęty na tutejszym terenie ochroną gatunkową. Z mięczaków do rzadkości należy błotniarka otułka i skójka gruboskorupowa. Z gąbek – Epydatia iluviatilis, spotykana w jeziorze Bełdan w okolicy Wierzby, oraz Euspongilla lacustiis w rzece Krutyni.W olbrzymiej ilości owadów występujących na Pojezierzu Mazurskim tak, jak wszędzie możemy wyróżnić gatunki pożyteczne lub szkodliwe dla gospodarki ludzkiej oraz -takie, które ze względu na rzadkość występowania znajdują się pod ochroną. Do sprzymierzeńców człowieka należą przede wszystkim pszczoły i inne gatunki zapylające kwiaty roślin. Tu też można zaliczyć szereg gatunków owadów pasożytniczych i drapieżnych.które w wielu przypadkach przyczyniają się do likwidowania populacji owadów szkodliwych. Liczne gatunki owadów z uwagi na wspaniałe ubarwienie są niezaprzeczalnie dość ważnym elementem estetycznym, zwracającym na omawianym terenie szczególną uwagę. Do nich przede wszystkim zaliczyć należy motyle z paziem królowej, pawicami, rusałkami, perłowcami, modraszkami, mieniakiem i skalnikiem na czele. Chronione są wszystkie gatunki biegaczy, ręczników i trzmieli. Niektóre z nich są rzadkością w faunie tutejszego regionu. Trupia główka, będąca pod ochroną, jest jednym z największych motyli i występuje także na Pojezierzu. Z rodziny ryjkowców występuje bardzo wiele gatunków. Na uwagę zasługuje rozpucz Liparus glabriro-stris, największy gatunek krajowy z tej rodziny, występujący głównie w Karpatach i na Podkarpaciu. Obecność jego w rezerwacie krajobrazowym w dolinie rzeki Wałszy świadczy o tym, że tamtejsze warunki są zbliżone w pewnym stopniu do górskich czy podgórskich. Nad wodami jezior do najpospolitszych owadów zaliczamy ważki różnych wielkości i barw. Należą one do rodziny żagnicowatych i ważkowatych. Największa z nich jest żagnica Aeschna grandis. Owady Pojezierza Mazurskiego nie są jeszcze całkowicie zbadane i kryją z pewnością wiele osobliwości oczekujących wyjaśnienia i określenia.