Dotychczas zostały opisane zbiorowiska roślinne pokrywające bezdrzewne tereny. Z kolei przejdziemy do opisu lasów, które na tutejszych obszarach zachowały się jeszcze w dużych łącznych kompleksach, kryjąc w sobie ciekawe zbiorowiska roślin i bogaty świat zwierzęcy. Lasy stanowiły pierwotną szatę roślinną Pojezierza Mazurskiego. W początkach XIII w. lasy pokrywały tu jeszcze około 80% powierzchni. Składem gatunkowym daleko odbiegały one od lasów współczesnych. Na żyznych glebach morenowych rosły przeważnie lasy mieszane, złożone głównie z dębu szypułkowego, graba pospolitego, lipy drobnolistnej i wiązu pospolitego. Poza tym na siedliskach mokrych występowała olsza czarna z jesionem wyniosłym, zaś na glebach lżejszych i sandrach dominowała sosna, jednakże z większą niż obecnie domieszką gatunków liściastych. W pow. nidzickim na wyrównanych sandrach uroczyska Uścianek jeszcze obecnie można ujrzeć drzewostany zbliżone składem do lasów pierwotnych. Na powierzchni 11 ha rosną tam sędziwe dęby i sosny z gęstym podszyciem leszczyny. Zachowanie tych pomnikowych drzew wydaje się konieczne z punktu widzenia ochrony przyrody. W wyniku postępujących po sobie okresów kolonizacyjnych znikły niemal całkowicie dawne puszcze mazurskie. Najpierw kolonizacją zostały objęte tereny o glebach żyznych, będące główną domeną kultury rolniczej. Na tych terenach rozwinęła się ona najwcześniej, redukując powierzchnię leśną do minimum. W 1926 r. wg Mielerta lasy na Pojezierzu Mazurskim stanowiły zaledwie 17,9% ogólnej powierzchni. Mimo tak poważnej redukcji powierzchni lasów zachowały się na Pojezierzu Mazurskim większe kompleksy leśne, jak Puszcza Romincka, Puszcza Borecka, Puszcza Piska i Puszcza Augustowska. Mniejsze lasy o zwartych powierzchniach zachowały się w środkowej części Pojezierza Mazurskiego, w pow. nidzickim, ostródzkim, olsztyńskim i w okolicy Górowa Iławeckiego, w południowo-zachodniej części w pow. toruńskim, brodnickim, dobrzyńskim, rypińskim i lipnowskim, a na północy w kwidzyńskim, elbląskim i sztumskim. Mówiąc o puszczach należy podkreślić, że obecnie nie mamy puszcz zupełnie dzikich, zbliżonych do pierwotnych, jednakże duże obszary leśne, będące resztkami dawnych puszcz, zachowały się, dlatego warto podać ich przybliżoną charakterystykę. Należąca do Polski część rozległej Puszczy Rominckiej zajmuje powierzchnię około 9500 ha. Drzewostany są tu przeważnie wielogatunkowe, składające się ze świerka, dębu bezszypułkowego, graba zwyczajnego, jesionu wyniosłego i klonu zwyczajnego. Spotyka się również drzewostany dębowo-lipawo-grabowe, z domieszką klonu zwyczajnego, jesionu wyniosłego, brzozy brodawkowatej i omszonej. Tylko w zachodniej części puszczy na piaszczystych sandrach spotykamy drzewostany sosnowe. Osobliwością puszczy jest rosnący tam szczwoligorz pochwiasty i turzyca patagońska. Puszcza Borecka pokrywa powierzchnię około 20 300 ha. Są to lasy przeważnie wielogatunkowe, z udziałem świerka, dębu szypułkowego, graba, olszy czarnej z domieszką lipy drobnolistnej i klonu zwyczajnego. Położone są na licznych pagórkach morenowych, dochodzących do wysokości 205 m. Wśród puszczy spotyka się wiele malowniczych jezior. Z osobliwości należy wymienić rosnące tam stare cisy. Puszcza Piska obejmuje duży kompleks leśny powierzchni około 100 000 ha. Przeważnie rosną tam jednolite bory sosnowe z domieszką świerka i drzew liściastych. Najbogatsze partie puszczy stanowią lasy świerkowo-sosnowe i sosnowo-świerkowe. Obok sosny świerka spotykamy tu dąb szypułkowy, grab, lipę drobnolistną, klon zwyczajny, brzozę brodawkowatą i omszoną, olszę czarną i szarą oraz jesion wyniosły. W puszczy jest wiele pięknych jezior rynnowych, połączonych malowniczymi strugami i rzeką Krutynią. Puszcza Augustowska zajmuje powierzchnię około 100 000 ha i ciągnie się od jeziora Wigry aż po Biebrzę. W północnej części puszczy rosną przeważnie lasy świerkowe, wymagające większej wilgotności, w pozostałych dominuje sosna. Te typy drzewostanów są charakterystycznymi i podstawowymi elementami tamtejszych, siedlisk leśnych. Piękno Puszczy Augustowskiej wzbogacają liczne jezidra połączone kanałami i strugami. Do najpiękniejszych z nich możemy zaliczyć Jeziora Augustowskie z Wigrami na czele. Przez puszczę przepływa rzeka Czarna Hańcza. Rolnictwo wycisnęło swe piętno na dzisiejszym krajobrazie Pojezierza Mazurskiego, jest on jednak urozmaicony bogatą rzeźbą i mnóstwem jezior. Lasy iglaste i liściaste pokrywają jeszcze znaczne tereny, dodając temu regionowi szczególnego uroku. W składzie gatunkowym lasów Pojezierza Mazurskiego wydzielić można ze stanowiska fitogeograiii leśnej trzy grupy. Do pierwszej należą gatunki najliczniej reprezentowane w Europie zachodniej i w zachodniej części Europy środkowej, których zasięg północny lub wschodni kończy się na wschodnich i północno-wschodnich obszarach Pojezierza Mazurskiego. Różna wrażliwość klimatyczna drzew jest przyczyną występowania na tutejszym terenie naturalnego zasięgu niektórych gatunków drzew, którymi są: buk, cis, dąb bezszypułkowy i świerk. Warto zatrzymać się przy kilku z nich. Cis jest to drzewo klimatu morskiego, osiągające w Polsce wschodnią granicę zasięgu. Występuje tu w rozproszeniu wzdłuż wschodniej granicy Pojezierza Mazurskiego ku Białowieży. Obecnie jako rzadkość podlega ochronie. Skupienia cisa i najpiękniejsze jego okazy występują w nadleśnictwach Puszczy Boreckiej, w lasach nadleśnictw Wipsowo, Łańsk, Purda Leśna w Leśnictwie Leszno, Szymbark, Zimna Woda, w Górach Szeskich oraz w lasach Puszczy Augustowskiej. Buk. Jego wschodni zasięg występowania kończy się na linii przebiegającej między Lidzbarkiem a Bartoszycami na południowy wschód w kierunku Reszla, skąd skręca do Biskupca, omijając na północy Olsztyn, skręca do pow. ostródzkiego i na południowy zachód, na najwyższą wyniosłość Pojezierza Mazurskiego Wysoka Wieś, 312 m n.p.m.. Największe zespoły bukowe znajdują się w pow. ostródzkim w gromadach Dylewo i Klonowo, w Bukwałdzie w pow. olsztyńskim, a także w pow. reszelskim i morąskim. Na wschodzie województwa olsztyńskiego, gdzie buk znajduje się już poza swoim zasięgiem, występuje jedynie w rozproszeniu, między innymi w Puszczy Piskiej, Boreckiej, a częściowo nawet w Rominckiej.Jawor. Północno-wschodnia granica jego zasięgu jest mniej więcej taka sama jak buka. Jest on drzewem rzadkim. Większe skupienia znajdują się w lasach klo-nowskich i dylewskich w pow. ostródzkim, w Nadleśnictwie Sadłowo w pow. reszelskim, mniej licznie występuje w pow. morąskim. Dąb bezszypułkowy jest mało rozprzestrzeniony w południowych i środkowych okolicach Pojezierza. Jego wschodni zasięg przebiega mniej więcej wzdłuż linii Węgorzewo-Ełk.Odmienną grupę reprezentują gatunki odznaczające się szerszym zasięgiem geograficznym niż poprzednio omówione. Tylko nieliczne z nich osiągają tu granicę zasięgu; grupę tę reprezentuje głównie 11 gatunków: Grab znajduje się na całym terenie. Północno–wschodnia granica jego zasięgu przebiega od Kłajpedy w kierunku południowym do Puszczy Rominckiej, skąd skręca raptownie na wschód. Dzięki wielkiej zdolności przystosowania się do gleb tutejszych, grab wykazuje pierwszorzędne cechy rozwojowe i przyrostowe. Sosna jest drzewem pospolicie rosnącym i zajmuje większość tutejszych obszarów leśnych. Zdaniem H. Grossa 1932 na tutejszym terenie występują dwie jej rasy. Jedna, o pokroju korony stożkowatym, prawdopodobnie rozprzestrzenia się od wschodu, druga zaś, o pokroju okrągłym – z południa i zachodu.