Moczary i torfowiska są charakterystycznym składni­kiem tutejszego krajobrazu. Obszary zabagnione i więk­sze torfowiska spotykamy na południu, południowym wschodzie i na wschodzie w okolicy Wielkich Jezior Ma­zurskich. Na obszarach tych spotykamy torfowiska: niskie, przejściowe i wysokie. Pierwsze występują bar­dzo licznie i są największe pod względem obszaru. Nale­żą do nich: Hajtus i Staświnskie w pow. giżyckim, Tałto-wisko na północ od Mikołajek, Markowskie w pow. olec­kim, Nietlickie między Niegocinem i Śniardwami, torfo­wiska między Sorkwitami a Mrągowem i moczary koło Jonkowa w pow. olsztyńskim. W południowo-zachodniej części Pojezierza torfowiska znajdują się w pow. nidzickim. Największe z nich osiąga­ją do 40 km długości i 2,5 km szerokości. Nad górnym Omulewem i nad rzeką Sawicą moczary występują nad Małgą, na wschód od jeziora Dłużek położone są tor­fowiska Małszewko, na południe od wsi Jedwabno tor­fowiska „Wielkiej Łąki”. Większe obszary torfowisk spotykamy również w oko­licy Wielbarka. Na wschodnim brzegu Pisy wyodrębnia się duży obszar bagien zwanych „Pisanickie”, zaś na wschód od nich, w kierunku miasta Białej Piskiej, roz­legły kompleks torfowisk pod Kaliszkami, Oblewem i Szymanami. Torfowiska wysokie spotyka się rzadziej, należą do nich między innymi torfowiska położone między Elblą­giem i Ornetą, na południowy zachód od Braniewa. Poza tym na Pojezierzu Ełckim są położone większe torfowis­ka, jak Czerwone Bagno w pow. grajewskim oraz tor­fowiska w Puszczy Augustowskiej. Gdy wiosną budzi się do życia roślinność lądowa o naj­różniejszych barwach, na bagnach i moczarach nie wi­dać jeszcze żadnego życia. Jest to zrozumiałe, gdyż z po­wodu stosunków termicznych torfowiska, spowodowa­nych wielką zawartością wody w złożu torfowym, roślin­ność na tych obszarach rozwija się później. Wśród roślinności tych terenów przeważają turzyce oraz rośliny pokrewnych rodzin. Obserwując poczynania człowieka zmierzającego do zdobywania nowych tere­nów pod uprawę roli lub zakładania użytków zielonych i wzorowych pastwisk, zauważyć można, jak z roku na rok zanikają te typowe dla Pojezierza Mazurskiego for­macje roślinne. Dlatego też niektóre torfowiska wydzie­lono na rezerwaty, a to celem zachowania i ochrony cie­kawych z punktu widzenia naukowego stanowisk flory i fauny. Torfowiska powstają zwykle tam, gdzie są zbiorniki wodne. Na brzegach zarastających zbiorników można zauważyć oczeret jeziorny, mannę mielec, pałkę szeroko-listną i wąskolistną, szalej jadowity. Te wszystkie rośli­ny są pierwszymi zwiastunami torfowiska niskiego, po­wstającego na przestrzeni płytko nawodnionej. Rośliny te wdzierają się stopniowo coraz bardziej w głąb zbiorni­ka wodnego, pozostawiając zdobyty teren następnej for­macji roślinnej. Wytworzy ona z czasem pokrywę roślin­ną torfowiska, zbudowaną z silnie splecionych ze sobą mchów torfowców i roślin należących do rodziny turzycowych, wśród których najczęściej występują północne rodzaje, jak turzyca dwupienna, bagienna i obła. Wszę­dzie prawie na torfowiskach Pojezierza Mazurskiego wi­dzi się wełniankę szerokolistną i wąskolistną, rzadziej spotyka się wełniankę delikatną i ponikło skąpokwiatowe. Natomiast ponikło błotne jest dość pospolite, podob­nie jak przygiełka biała. Prawie na każdym nieutrwalonym torfowisku spotyka się bobrek trójlistkowy, siedmiopalecznik błotny, czermień błotną, gnidosza błotnego, skrzyp bagienny, knieć błotną, kozłka dwupiennego i rzeżuchę łąkową. Na torfowiskach, gdzie podłoże torfowe jest szczegól­nie ubogie w materiały odżywcze, spotyka się często rosiczkę okrągłolistną, bardzo rzadko rosiczkę długolistną i pośrednią. Na torfowiskach trafiają się również roś­liny drzewiaste, z których wymienić należy przede wszystkim brzozy i wierzby. Z tych ostatnich najbardziej charakterystyczna jest płożąca się wierzba rokita. Z biegiem czasu, wskutek narastających warstw torfo­wych, powstają z ruchomych torfowisk torfowiska utrwa­lone, które mają już podłoże trwale, gdzie obok panują­cych turzyc i mchów występują także krzewinki. Oprócz turzyc wymienić tu należy rdest wężownik, ostrożeń błot­ny i warzywny, firletkę poszarpaną, kozłka lekarskiego, skrzyp błotny i storczyka szerokolistnego. Na torfowiskach utrwalonych rosną często rośliny krzewiaste, jak wierzby w najrozmaitszych gatunkach, brzoza omszona, kruszyna pospolita. Końcowym stadium rozwojowym torfowiska jest las! Jeżeli podłoże jest bogate w materiały odżywcze, rozwija się na nim olsza czarna, poza tym porzeczka czarna, mali­na moroszka, malina właściwa, jeżyna wzniesiona i róż­ne rodzaje paproci, a ponadto pokrzywa zwyczajna, bodziszek cuchnący i psianka słodkogórz. Oprócz torfowisk niskich istnieją torfowiska przejściowe i wysokie. Te ostatnie na Pojezierzu Mazurskim nie są pospolite. Na tych torfowiskach dominują różne ga­tunki mchów torfowców, następnie wrzosowate i sosna karłowata. Przedstawicielem subarktycznej flory jest tu bagno zwyczajne, wydzielające upajający zapach w cza­sie gorących dni letnich. Oprócz bagna pospolicie wy­stępuje borówka bagienna i czarna, żurawina błotna, bażyna czarna, modrzewnica zwyczajna i wrzos zwyczajny.