W lasach sądeckich najpospolitszym ich gatunkiem jest wszędobylska ryjówka aksamitna, na obrzeżach lasu towarzyszy jej mniejsza krewniaczka -ryjówka malutka oraz równie pożyteczny jeż. Ryjówki – jedne z najmniejszych ssaków, a zarazem zwierząt stałocieplnych – mają bardzo szybką przemianę materii. Zwierzątka te schwytane i nieopatrznie zamknięte bez zapasu pokarmu już po kilku godzinach giną z głodu. Z owadożernymi bardzo blisko spokrewnione są jedyne latające ssaki – nietoperze. Oprócz gatunków występujących w jaskiniach i na strychach w Polsce żyje nieliczna grupa nietoperzy leśnych. Najpospolitszy, a zarazem największy z nich jest na Ziemi Sądeckiej borowiec; towarzyszą mu często nocek wąsatek i gacek wielkouch. W starych lasach nietoperze zamieszkują dziuple i osłonięte wykroty, w młodych zaś najczęściej spotkać je można w skrzynkach dla ptaków. Jedna z najliczniejszych w gatunki grup ssaków krajowych to gryzonie. W lasach górskich Ziemi Sądeckiej najpospolitszym, często jedynym gatunkiem jest mysz leśna, grądy i bory mieszane w niższych położeniach zamieszkuje najliczniej nornica ruda. Obok nich w miejscach wilgotnych nad potokami spotykamy karczownika. Gryzonie leśne opanowały też korony drzew. Na Sądecczyźnie często jeszcze zobaczyć można wiewiórkę, która występuje tu zazwyczaj w odmianie czarnej. Obok niej dziuple i skrzynki dla ptaków chętnie zasiedlają przedstawiciele rodziny pilchowatych – mile dla oka orzesznica i popielica. Każdy, kto choć raz przechodził wiosną lub wczesnym latem przez las, został urzeczony śpiewem najprzeróżniejszych gatunków ptaków. Jeżeli przystaniemy na chwilę i przyjrzymy się śpiewającemu ptakowi, zauważymy, iż pochłonięty jest on prawie wyłącznie tą pozornie bezsensowną działalnością. Jednakże wbrew powszechnemu mniemaniu śpiew ptaka nie służy uprzyjemnianiu życia sobie czy też obserwatorowi. Ma on ogromne znaczenie biologiczne: każdy samiec przywołuje śpiewem samiczkę, ponadto daje znać rywalom o swojej obecności na danym obszarze. Większość ptaków leśnych, podobnie jak ssaki, zamieszkuje zarówno lasy reglowe, jak i grądy oraz bory mieszane. Są jednak i takie, które preferują poszczególne środowiska lub ich grupy. Spośród wróblowatych wszystkie wymienione ekosystemy leśne zamieszkuje np. pełzacz leśny, a także maleńki, wszędobylski strzyżyk. Spokrewnione z sobą gatunki, np. sikor, muchołówek i dzięciołów, szczególnie gdy jest ich więcej, wykazują już wyraźną specjalizację i przywiązane są do określonego typu lasu. Sikora bogatka i modra wyraźnie preferują lasy liściaste, sosnówka zaś wyłącznie bory szpilkowe i mieszane. Pozostałe, znane z Ziemi Sądeckiej gatunki – sikora czarnogłówka i uboga – zamieszkują wszystkie wymienione siedliska.Muchołówka żałobna występuje głównie w borach mieszanych, muchołówka białoszyja – w grądach, najmniejsza zaś – muchołówka mała – najchętniej w buczynach dolnoreglowych. Nieco inną specjalizację wykazują dzięcioły. W reglowych – zarówno liściastych, jak i szpilkowych – lasach Sądecczyzny żyje dzięcioł trójpalczasty oraz największy przedstawiciel rodzaju – dzięcioł czarny. Dolnoreglowe lasy liściaste oraz grądy zasiedlają dwa inne gatunki – dzięcioł zielony i zielonosiwy. W niższych partiach lasów górskich i podgórskich spotykamy również dzięcioły pstre, zwane tak od swego barwnego, głównie biało-czerwono-czarnego upierzenia. Spośród kilku gatunków tej grupy najczęściej spotykany jest dzięcioł duży. Reglowe buczyny i grądy zamieszkuje cała plejada drobnych ptaków śpiewających. Do najpospolitszych mieszkańców tych lasów zaliczyć możemy ziębę, rudzika, pokrzewkę czarnołbistą, świergotka drzewnego, świstunkę leśną i drozda śpiewaka. Spotykamy tu także przedstawicieli kuraków – pospolitego w Sądecczyźnie jarząbka, występującego w niezbyt gęstych, niżej położonych lasach cietrzewia, oraz króla regli, jednego z najokazalszych krajowych ptaków – głuszca. Rząd drapieżnych z powodu intensywnego tępienia reprezentowany jest tylko przez kilka przedstawicieli. Najliczniej występuje myszołów, znacznie rzadziej – tępione jastrząb i krogulec. Czasem wśród drzew przeniknie szybko pustułka. Lasy dolnoreglowe Ziemi Sądeckiej zachowały gdzieniegdzie charakter zbliżony do prastarej puszczy karpackiej. W tych miejscach na obszarze Beskidów żyje jeszcze największa z krajowych sów – puchacz. Często obok niej występuje puszczyk, sporadycznie zaś sowa uralska.Zupełnie odrębny charakter prezentuje awifauna górskich borów jodłowych i górnoreglowych świerczyn. Spotykamy w nich przede wszystkim dwóch przedstawicieli fauny górskiej – drozda obrożne-go i orzechówkę. Wśród znacznie uboższych w gatunki zoocenoz górnoreglowych charakterystycznym ptakiem jest maleńki mysi-królik, przedstawicielem zaś dzięciołów – krętogłów. Bory jodłowe i świerkowe odwiedzają chętnie stadka niezwykle oryginalnych ptaków – krzyżodziobów. Szczęki ich dzioba są skrzyżowane jak kleszcze, co pozwala im odchylać łuski szyszek drzew szpilkowych i wyjmować nasiona, którymi się żywią. Niezwykle interesująco przedstawia się biologia ich rozrodu. Ptaki te zakładają gniazdo w górnej części korony świerka lub jodły, najczęściej zimą, a pisklęta doskonale rosną mimo śniegu i trzaskającego nieraz mrozu. Najczęściej pojawia się na Sądecczyźnie krzyżodziób świerkowy. Do wielkich rzadkości natomiast należą krzyżodziób sosnowy oraz wyjątkowo zalatujący do Polski, stwierdzony m.in. w okolicach Starego Sącza, krzyżodziób dwupręgowy. Ciepłe prześwietlone grądy są doskonałym siedliskiem dla wielu przedstawicieli krajowej herpetofauny. Na polanach śródleśnych zobaczyć można wygrzewające się zaskrońce, często towarzyszy im gniewosz i budząca grozę żmija. Gatunki te jednak, podobnie jak i pozostałe krajowe gady lądowe, zamieszkują przede wszystkim siedliska ekotonalne, tzn. znajdujące się na styku dwóch różnych
biocenoz, np. lasu i łąki.